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La revista Ciencia e Innovación en Salud está actualmente indexada por  DOAJ, OAJI, REDIB, Actualidad Iberoamericana, Scientific Indexing Service, Publons y Google Scholar; y trabajando para estar indexada por el resto de la mayor bases de datos de Indexación y Abstracción como PubMed, PubMed Central, Scopus, Web of Science, base de datos ACS, EMBASE, CAB Abstracts, Europe PMC, AGORA, ARDI, HINARI, OARE, ProQuest, OCLC, y servicios como  MEDLINE.

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